Przygotowania
Jeszcze przed dopuszczeniem jakichkolwiek „specjalistów” od medycyny sadowej czy kryminalistyki sowieckie władze zdecydowały się zabezpieczyć teren lasu katyńskiego. Już z końcem września 1943 pojawili się sowieccy naukowcy, lekarze, chirurdzy ale badali sprawę egzekucji niemieckich na obywatelach radzieckich, nie dopuszczano ich na razie do okolic Katynia. Wśród nich był także Nikołaj Burdenko – naczelny chirurg Armii Czerwonej, członek Akademii Nauk ZSRR, jeden z twórców neurochirurgii w ZSRR.
Burdenko po wyzwoleniu miasta Orzeł w sierpniu 1943 r. badał zbrodnie niemieckie na żołnierzach radzieckich w tamtejszej okolicy. I już wtedy, znając niemieckie komunikaty, pisał do Wieczyslawa Mołotowa w listach, iż sposób mordowania radzieckich jeńców jest identyczny jak zbrodnia na polskich oficerach w Katyniu oraz, że jest to typowy „niemiecki system”. To przekonanie, jakim Berdanko kierował się przez cały czas, zdecydowało o tym, że wybitny jak na owe czasy neurochirurg, stał się narzędziem w rękach stalinowskiego reżimu. Z ponad 1000 ekshumowanych wówczas ciał, 200 miało podobne rany jak zabici w lesie katyńskim oficerowie. Ale Burdenko już jakoś nie odniósł się do takich elementów jak związane w charakterystyczny sposób ręce polskich oficerów w Katyniu.
Jak racjonalnie wyjaśnić postawę Burdenki – naukowca i lekarza, który stworzył kłamstwo katyńskie? Cóż, był przedstawicielem sowieckiego reżimu i działał na „zlecenie” swoich zwierzchników. Ale musiał przecież dostrzegać wiele niejasności w swojej teorii. Nie należy mieć złudzeń, dochodzenie miało być tylko teatrzykiem dla opinii międzynarodowej. Teraz nie było mowy choćby o pozorach międzynarodowej komisji, a tym bardziej o obecności polskich przedstawicieli na miejscu zbrodni. Nie zaproszono nawet polskich komunistów tak głośno już krzyczących o sojuszniczej armii radzieckiej, która niedługo zacznie wyzwalać Polskę spod niemieckiej okupacji.
Oddziały NKWD „zabezpieczyły”, ogrodziły miejsce zbrodni i zaczęto prace ziemne. Wstępnym dochodzeniem, zanim dopuszczono jakichkolwiek członków komisji i lekarzy do miejsca zbrodni, kierował ludowy komisarz bezpieczeństwa państwowego ZSRR Wsiewolod Mierkulow. Ten sam, który kierował całą operacją w kwietniu i maju 1940 r., rozstrzeliwania polskich oficerów. Głównym zadaniem prac stało się usuwanie wszelkich śladów winy NKWD i fałszowanie dowodów świadczących o winie Niemców. Pracownicy operacyjni NKWD natychmiast dotarli do świadków zeznających przed Niemcami w kwietniu i czerwcu 1943 r. Część z nich uciekła jeszcze przed wkroczeniem sowietów lecz zaraz po wojnie ginęła w niewyjaśnionych okolicznościach. Inni, pod wpływem perswazji enkawudzistów zmieniali zeznania twierdząc iż wcześniej zostali on zastraszeni przez faszystowskich zbrodniarzy. Od października 1943 r. do stycznia 1944 r. śledczy przesłuchali 95 osób. Wielu z tych „świadków”, którzy zeznawali podczas dochodzenia wstępnego, a potem przed komisja Burdenki, w latach 90. wycofało swoje zeznania.
Wyniki wykonane przez ludzi Mierkulowa zostały opisane jako „Informacja o rezultatach dochodzenia wstępnego w tak zwanej sprawie katyńskiej”. Informacja ta miała być podstawą dla komunikatu przyszłej komisji.